Se mandó construir tras la conquista de la ciudad en 1341 por Alfonso XI en honor a Santo Domingo de Silos, patrón de la ciudad.

Está situada en el arrabal viejo de la fortaleza y se alza bajo el solar de una antigua mezquita reutilizándose el minarete como torre de Iglesia.

Fue la primera iglesia alcalaína. La parroquia fue trasladada en el siglo XIX al centro de la ciudad nueva, a la iglesia de las Angustias.

De esta iglesia son interesantes la bóveda de crucería del baptisterio del siglo XIV, el paramento mudejar de un altar lateral, y la torre que fue restaurada por el abad Maximiliano de Austria que ostenta su escudo de armas.

En la actualidad se encuentra en ruinas.