Es una de las primeras iglesias que se construyen en Alcalá la Real. Tiene una nave con un coro alto, precedida de un patio cerrado que se encuentra en el comienzo de la calle Rosario.

En la plaza existió un pozo rico en agua, pues la sobrante bajaba al paseo de los Alamos que desempedraba esa calle por lo que le tuvieron que hacer unos caños a un lado y otro para encauzarla, de ahí el nombre anterior de la Calle los caños.

San Juan fue ayuda parroquial de la Abadía hasta mediados del siglo XIX, época en la que pasa a la iglesia del Rosario, abandonándose ésta casi por completo.

Se venera al Cristo de la Salud, en su actual imagen de Martín Simon. Imagen de hondas raices de devoción popular. Procesiona el primer domingo de septiembre. También tipica es la fiesta de S. Juan Bautista con festejos populares, y donde se quema la noche del 23 de junio un monigote que simboliza a la bruja.