La disposición del conjunto urbano de la Alcalá antigua responde de modo exacto al trazado de las poblaciones del estilo llamado almohade, del siglo XII, aunque algunas de sus murallas y torres sean anteriores y otras posteriores:

El barrio militar con la alcazaba, ocupa el nordeste de la superficie alargada de tres hectáreas de extensión, que corona la cumbre del cerro de la Mota, sobre la que se alzaba la ciudad (alcanzando los 1033 mts de altitud).

Constaba de dos patios de armas, el exterior con viviendas y servicios para la población militar, y el interior, limitado por tres torres y lienzos de muralla. La torre del Homenaje era la residencia del alcaide y se comunicaba con pasadizos con diversos puntos de la ciudad y del exterior.

El barrio noble o verdadera ciudad estaba situada al sudoeste, con la mezquita en su centro, que posteriormente fue ocupado por la iglesia abacial, entre dos plazas y las calles.

El barrio popular , al oeste, llamado Bahondillo por estar mucho más bajo que los otros dos, en algunos puntos sólo alcanza 1.010 mts.