Es el templo de mayor capacidad. Su planta es de cruz latina, y a los lados se aprovechan los huecos para capillas.

En la segunda capilla entrando a la derecha está el sepulcro del último abad, D. Antonio Sánchez-Mata obra de Mateo Inurria, padre del célebre escultor.

A esta iglesia se trasladó la abacial parroquia Sta Maria la Mayor en 1810 cuando los franceses fortificaron la Mota.

Continuó su uso hasta la extinción de la Abadía por el Concordato de 1851, y tras la muerte del último abad, en 1853 continuó solo como parroquia. Perteneció al Convento de Padres Terceros de San Francisco hasta 1835.

Trabajó como arquitecto Juan de Aranda y Salazar que era en torno a 1643 maestro mayor de la catedral de Jaén y lo había sido de las de Córdoba y Granada. La ornamentación que rodea las pechinas y las claves de los arcos está relacionado con los estucos de influencia granadina, dentro de la -Estética rococó- como los muy célebres de la Cartuja.

El altar mayor está dedicado a la Virgen de las Mercedes desde que fue sacada de la iglesia de la Mota, presenta un retablo sobredorado realizado en 1761-1768 por Vidaurre.

La actual imagen de la Virgen de las Mercedes, la patrona, fue proyectada por Manuel Garmelo y tallada por J.G. Martín Simón, y es copia de la anterior del siglo XVI muy renacentista y de tipo siloesco.
Otras imágenes son el Señor de la Humildad de Alonso de Mena que fue restituida por copia de Jose Gabriel Martín Simón ; la Virgen de los Dolores de Arrabal por copia de Fernández Andes quien también sustituypó la de Jesús Nazareno.
La sacristía es de planta octogonal y cúpula trazada por Juan de Aranda y Salazar, terminada en 1724 por Fray Juan Nieto.

La portada es de tipo retablo. La puerta es de arco de medio punto y descansa en dobles columnas jónicas con basamento. Sobre estas dos hornacinas con los Patronos de la Orden Tercera Franciscana y escudos con las cinco llagas y otros símbolos de Sto de Asís. Tras la restauración después de la Guerra Civil, aparecieron las primitivas inscripciones con la fecha de la obra en 1531 correspondiendo con el establecimiento de los padres terceros en este lugar. Anteriormente estuvieron desde 1505 en la ermita de S.Marcos.

La Torre de campanas fue ampliada en 1774 por Martín Espinosa, con tres cuerpos de orden toscano, dórico y corintio. Su altura total es de 36 m. Entre el tercer cuerpo (corintio) que alberga las campanas y el chapitel hay un cuerpo octogonal donde existió un reloj.